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在稅務稽查案子中，經營者需在稅務局下發《稅務處理決定書》后，持處罰告知書到辦稅大廳繳付查補稅款和滯納金。預繳稅款查補稅款，即為指在案子立案檢查之后、下發《處理決定書》之前，經營者主動通過稅務稽查查補稅款模塊繳納稅款和滯納金。針對預繳稅款查補稅款，我們可以從下面幾個方面來了解一下。
1、預繳稅款查補稅款能夠降低納稅人滯納金損失。依據征收管理法相關規定，經營者從滯納稅款之日起開始計算，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金（年化為18.25%），如果經營者滯納時間長或者滯納稅款金額大，滯納金就會累積成很大的數字。稅務稽查案子從立案、檢查到審理結束，時間都較長，如果是復雜、重大案件，甚至會持續幾年時間，而在此期間，稅款的滯納金并不會停止計算。如果經營者預繳稅款查補稅款的話，滯納金的截止日期為預繳稅款之日，滯納金的計算時間縮短，能夠為經營者降低一部分滯納金損失。即使最終查補稅款超過預繳稅款，也只對差額部分加收滯納金。
2、預繳稅款查補稅款可能會影響罰款的金額。部分案子可能會涉及到罰款問題，如經營者涉及偷稅的，應當處以并處不繳或少繳稅款的百分之五十以上五倍下面罰款，經營者主動預繳稅款查補稅款，則可能會影響罰款的幅度。稅務局對稅款和滯納金沒有自由裁量權，對罰款卻有自由裁量的權力。依據《行政處罰法》第二十七條和《稅務行政處罰裁量權行使規則》第十五條相關規定，主動消除或者減輕違法行為危害后果的，應當從輕或者減輕行政處罰。經營者在《稅務行政處罰告知書》作出之前，主動向稅務局繳納稅款、滯納金，以消除或者減輕逃稅行為對國家稅收造成的損失，能夠認定為符合從輕、減輕處罰的情節。預繳稅款查補稅款表達了被查方積極配合檢查的態度，稅務局在決定行政處罰幅度時，一般都會盡量從輕或者減輕處罰。
3、預繳稅款查補稅款不會影響案子的定性和納稅人權利。可能經營者會擔心，預繳稅款查補稅款會不會讓稅務局認為自己已完全認可全部的違法事實，會不會形成對違法事實的一種自認？不會的。預繳稅款查補稅款只是繳納稅款的行為，并不構成經營者對自己違法行為的一種情況自認，預繳稅款查補稅款不會影響案子的最終定性。同時稅務稽查的最終處理決定是依據檢查過程中所取得的全部證據，以及法律法規等相關規定來定性的，預繳稅款行為不會對最終處理決定結果形成影響。經營者在稅務處罰告知書下發之后，仍然享有陳述申辯、聽證、復議以及訴訟的權利，不會因預繳稅款查補稅款而受到影響。
4、預繳稅款查補稅款能夠多次、分批繳付。在案子檢查過程，稅務局查處出的往往不止一個涉稅問題，問題也不是同時查清，因此經營者針對稽查人員已經提出的違法事實無異議的，或者認為稽查人員對違法事實已經基本認定的，被查方能夠依據情況，多次預繳稅款，或者依據自身財務狀況，分批預繳稅款，以求盡量縮短滯納時間，減少損失。
但需注意，預繳稅款查補稅款前應與稽查人員做好溝通交流，切忌自行申報納稅，否則會給雙方帶來麻煩。因為在金三系統中，正常申報和稅務稽查查補屬于不同模塊，被查方應向稽查人員咨詢后，通過稅務稽查查補模塊做好預繳稅款，在處罰告知書作出后，再依據抵減預繳稅款后的金額，來補繳稅款和滯納金。
